STEMCELL Technologies社では、細胞の未分化状態は、フローサイトメトリーでOCT4 および TRA-1-60 の発現レベルを定量化して分析しています。市販のiPS細胞株では、>80%の細胞がこれらのマーカーを発現しています。ロット固有の未分化マーカーの発現レベルは、iPS細胞株の検査証明書（CoA）に記載されています。STEMCELL Technologies社の iPS細胞の品質管理評価とリリース基準の詳細は、「品質管理に関してよくある質問」をご参照ください。