顆粒球系統は、好中球、好塩基球、好酸球の3種類の成熟細胞で構成されます。末梢血中のこれらの頻度を真に特定する唯一の方法は、ヘマトキシリンとエオシン（H＆E）による組織学的染色と、サイズ、色、および核の形状に基づいてこれら3タイプを区別する形態学的特徴の評価に基づいています。
CFUアッセイでは、前駆細胞タイプの同定に役立つ成熟細胞のサイズしかわからず、核の形状を視覚化することはできません。核の形状は、例えば、顆粒球と単球の違いを決定する上で重要です。CFU-GMコロニー内の細胞の組成を特定する唯一の方法は、コロニーを回収し、サイトスピンとH＆E染色の後にコロニー内の成熟細胞を評価することです。
ただし、ほとんどのコロニーは未成熟細胞と成熟細胞の不均一な混合物であり、これは前駆細胞の系列分化能を表しています。
あるいは、個々のコロニーから回収した細胞を、さまざまな成熟細胞タイプに特徴的な細胞表面マーカーで染色することもできます。ただし、このアプローチでは多くの場合、複数の表面マーカーを染色して決定する必要があります。歴史的には、組織学的染色、フローサイトメトリーによる細胞表面発現、およびサイトカイン要件のすべてが、系統特異的な前駆細胞タイプを確認するために使用されてきました。