ビーズの凝集は起こり得ますが、通常は見た目上の問題であり、アプリケーション自体には影響しないことがほとんどです。

一部のサンプルでは、ビーズの表面電荷の影響により、「浮く」「粘着性がある／凝集する」といった問題が生じることがあります。どの磁気ビーズにおいても起こり得ることですが、Dynabeadsはその品質の高さから比較的起きにくい方ではございます。

ビーズ同士またはビーズとチューブ壁との間の静電的相互作用により凝集/粘着性が生じる可能性があり、このためにビーズの取り扱いが困難になることがございます。

■ 磁気ビーズ凝集への対策

• ビーズの凝集／粘着性に対しては、実験前にTween 20のような非イオン性界面活性剤でビーズを洗浄することを推奨しています。
  Tween 20などの非イオン性界面活性剤を最終濃度 最大0.1%まで加え再懸濁した後に、Tween 20を含まないバッファーで洗浄することで、問題は通常軽減または解消されます。　　
  Tween 20溶液でのインキュベーション（室温にてローラー上で5〜10分など）が必要な場合もあります。
  この処理により、ビーズの静電ポテンシャルが低下し、凝集や沈殿が抑制される可能性が高くなります。
• 通常のシリコン処理済みチューブの使用を推奨します。ビーズの静電ポテンシャルが低下し、凝集／沈殿が減少する可能性があります。ビーズと表面との相互作用を防ぐだけでなく、チューブ壁での液滴形成も抑制するため、特に少量サンプルを扱う際に有用です。
• 強めのピペッティングにより、小さな塊を崩せる場合もあります。
• 可能な限り pH を高め、塩濃度を低く保つことも有効です。
• 抗体を加えた際に凝集が始まる場合もあります。この場合、間接法により、あらかじめ抗体で細胞を事前に標識すると、抗体添加による凝集問題が解決される可能性があります。
• リガンド結合前に短時間の超音波処理（例：水槽型超音波洗浄機で5分以内）を行うことで、凝集を軽減し均一な状態を回復できる場合があります。長時間の超音波処理はビーズ表面のコーティングを損傷する可能性があるため避けてください。
• 界面活性剤を完全に除去した際に、シリコン処理済みチューブを使用しているにもかかわらず凝集が起こる場合は、ごく低濃度の界面活性剤を常に含めておくことを推奨します。ただし、質量分析が下流のアプリケーションである場合には問題となる可能性があります。