マウス腸オルガノイド継代時に複数のドームを1本のチューブにまとめられますか？また、何個まで可能ですか？

はい、スケールアップできます。まとめられるドームの個数に制限はありません。
一般的には、15 mlチューブ1本に最大8個のドームをまとめます。